A antiga Botica está situada no pátio que dá para a antiga casa do torno. A primeira sala é abobadada com dois arcos torais que assentam em mísulas lisas, representando pirâmides invertidas. As duas salas que se seguem formavam a antiga capela de S. Marcos, capela de entrada, onde mais tarde foi transformada em Botica de apoio a este antigo hospital. A abóbada fazia a separação entre o corpo da capela e a capela-mor, com um notável arco de cruzeiro em pedra artisticamente lavrada.

O espólio do atual Núcleo Museológico é, na sua maioria, resultado da atividade hospitalar que a Misericórdia desenvolveu durante séculos. Atualmente, o espaço integra equipamentos médicos, instrumentos cirúrgicos, medicamentos e compostos químicos, assim como, mobiliário de farmácia que data, da sua maioria, do século XVIII e XIX.